El presente estudio tiene por objeto el examen del contralor sobre las Unidades reguladoras, tanto a nivel de derecho positivo nacional como de derecho comparado, recogiendo las experiencias de países como Argentina y Brasil. En merito a ello, se comenzará por un análisis de la Teoría del Control y de la Responsabilidad, las cuales tienen plena vigencia respecto de las Unidades Reguladoras.Dicho control se ejerce en nuestro derecho positivo, ya sea desde el ámbito del propio Poder Ejecutivo a través de la Auditoria Interna de la Nación (A.I.N) en su carácter de Unidad Ejecutora del Ministerio de Economía y Finanzas, como desde fuera de dicho sistema orgánico a través del Tribunal de Cuentas de la República (T.C.R). En consecuencia, se abordaran dos casos prácticos de actuaciones practicadas por dichos organismos en las unidades reguladoras de nuestro país: la U.R.S.E.C. y la U.R.S.E.A. En última instancia, y modo de conclusión, se analizará cómo estas Agencias han sido consagradas en el derecho comparado y cuáles son los mecanismos de control existentes en los mismos.